ഓരോ നഗരസഭകളിലും പദ്ധതിയുടെ ഏകോപനത്തിന് നേതൃത്വം നൽകുന്നതിനൊപ്പം ഖരമാലിന്യ പരിപാലനത്തിനും സംസ്കരണത്തിനും ആവശ്യമായ മാര്‍ഗനിര്‍ദേശങ്ങള്‍ നല്‍കുകയും, പ്രാദേശിക സവിശേഷതകള്‍ക്ക് അനുസരിച്ച് ഓരോ നഗരസഭകള്‍ക്കും ആവശ്യമായ ഖരമാലിന്യ സംസ്കരണ പദ്ധതികള്‍ വിഭാവനം ചെയ്യുകയുമാണ് ഇവരുടെ പ്രധാന ചുമതല. ഈ എഞ്ചിനീയര്‍മാരുടെ സഹായത്തോടെ ആയിരിക്കും നഗരസഭകള്‍ ഖരമാലിന്യ പരിപാലന പദ്ധതികള്‍ക്ക് രൂപം നല്‍കുക. പദ്ധതി നടത്തിപ്പിനും ഇവര്‍ മേല്‍നോട്ടം നല്‍കും. വരുംകാലങ്ങളില്‍ നഗരസഭകളിലെ ഖരമാലിന്യ നിര്‍മ്മാര്‍ജ്ജനത്തിനാവശ്യമായ സുസ്ഥിര സംവിധാനങ്ങള്‍ വിഭാവനം ചെയ്യുന്നതിലും ഈ എഞ്ചിനീയര്‍മാര്‍ നഗരസഭകളെ സഹായിക്കും.

കേരള ഖരമാലിന്യ പരിപാലന പദ്ധതിയുടെ നിര്‍വഹണം, ഏകോപനം, മേല്‍നോട്ടം എന്നിവയ്ക്കായി സംസ്ഥാന, ജില്ലാ, നഗരസഭാ തലങ്ങളില്‍ യൂണിറ്റുകള്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്നുണ്ട്. ഈ ത്രിതല സംവിധാനത്തിൽ നഗരസഭാ തലങ്ങളിലുള്ള പ്രൊജക്ട് ഇംപ്ലിമെന്റേഷന്‍ യൂണിറ്റുകളില്‍ (പിഐയു) ആയിരിക്കും ഈ ഖരമാലിന്യ പരിപാലന എഞ്ചിനീയര്‍മാര്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുക. ഇതിനൊപ്പം തന്നെ അതാത് മേഖലയില്‍ പ്രാവീണ്യമുള്ള സാങ്കേതിക വിദഗ്ദരുടെയും ഏജന്‍സികളുടേയും സേവനം എല്ലാ തലങ്ങളിലും ലഭ്യമാക്കും. ഇതോടൊപ്പം ജില്ലാതല പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ ഏകോപിപ്പിക്കുകയും നടപ്പിലാക്കുകയും നിരീക്ഷിക്കുകയും ചെയ്യുന്ന ചുമതല അതാത് ഡിസ്ട്രിക്ട് ഡെവലപ്‌മെന്റ് കമ്മിഷണര്‍ക്ക് ആയിരിക്കും.

ലോക ബാങ്ക്, ഏഷ്യന്‍ ഇന്‍ഫ്രാസ്ട്രെക്ചര്‍ ഇന്‍വെസ്റ്റ്മെന്റ് ബാങ്ക് എന്നിവയുടെ സാമ്പത്തിക സഹായത്തോടെയാണ് സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാര്‍ നഗരസഭകളുമായി ചേർന്ന് കേരള ഖരമാലിന്യ പരിപാലന പദ്ധതി നടപ്പിലാക്കുന്നത്. നഗരങ്ങളിലെ മാലിന്യ സംസ്കരണ സേവനങ്ങള്‍ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നതിനും, അടിസ്ഥാന സൗകര്യ വികസനത്തിനും, ആധുനിക ശാസ്ത്രീയ സാങ്കേതിക സംവിധാനങ്ങള്‍ നഗരസഭാതലത്തിലും മേഖലാതലത്തിലും ഒരുക്കുന്നതിനും സർക്കാർ ലക്ഷ്യമിടുന്നു. പദ്ധതിയിലൂടെ നഗരങ്ങളിലെ മാലിന്യങ്ങളുടെ 100 ശതമാനം ശേഖരണവും, കൈമാറ്റവും, സംസ്കരണവും നിർമ്മാർജ്ജനവും ഉറപ്പാക്കും.